ФНС России в Письме Федеральной налоговой службы от 14 ноября 2016 г. N ЕД-4-5/21472@ "О порядке применения статьи 122 Налогового кодекса Российской Федерации" разъяснено, что если уточненная налоговая декларация представляется в налоговый орган после истечения срока ее подачи и срока уплаты налога, то налогоплательщик освобождается от ответственности, если он подал уточненную декларацию до того, как узнал об обнаружении налоговым органом неотражения сведений (неполноты отражения сведений, ошибок) в декларации либо о назначении выездной налоговой проверки по данному налогу. Штрафные санкции также не последуют, если представлена уточненная декларация после указанной проверки, по результатам которой не были обнаружены неотражения сведений (неполнота отражения сведений, ошибки) в декларации.

  Если до окончания камеральной проверки представлена уточненная декларация, на основе последней начинается новая камеральная проверка. Если налогоплательщик не перечислил указанную в декларации сумму, то это не образует состава рассматриваемого правонарушения. В этом случае с него взыскиваются пени. Состав данного правонарушения составляет занижение налоговой базы, иное неправильное исчисление налога или другие неправомерные действия (бездействия) налогоплательщика, если они привели к задолженности по этому налогу. В случае представления нескольких уточненных деклараций за проверяемый период штраф рассчитывается на основании последней уточненной декларации без учета предыдущих.

  По материалам garant.ru