Ограничение проверяемого периода тремя годами не распространяется на случаи представления уточненных деклараций. Арбитражный суд Московского округа по делу № А40-54040/13 подтвердил позицию ФНС России, которая заключается в том, что в случае представления налогоплательщиком уточненной налоговой декларации с уменьшенной суммой налога, налоговый орган не ограничен трехлетним сроком и имеет право провести повторную проверку.

  Организация представила в инспекцию уточненные налоговые декларации за июнь, август, декабрь 2009 года, по которым заявила об уменьшении суммы налога. В связи с этим налоговый орган 29 декабря 2012 года принял решение о проведении повторной выездной проверки. Не согласившись с этим решением, организация обратилась в суд. В своих возражениях она указывала на то, что данное решение было получено в 2013 году, соответственно истек трехлетний период для проведения повторной проверки, а значит, 2009 год проверяться не может.

  Отказывая в удовлетворении требований организации, суды трех инстанций указали, что оспариваемое решение налогового органа принято в соответствии с Налоговым кодексом Российской Федерации и не нарушает прав и законных интересов организации. Повторная выездная проверка налогоплательщика может проводиться налоговым органом, ранее проводившим проверку, в случае представления уточненной налоговой декларации, в которой указана сумма налога в размере, меньшем ранее заявленного. При этом проверяется период, за который представлена такая декларация. Таким образом, решение по данному судебному делу позволит налогоплательщикам в дальнейшем более четко ориентироваться в аналогичных вопросах.